De Prinses Wilhelminaschool is in 1950 als zelfstandige school begonnen en werd toen gehuisvest in een leegstaande kleuterschool.
In 1971 trok de school in het huidige gebouw aan de Lanslaan. In de loop der jaren is dit gebouw uitgebreid en steeds aangepast aan de nieuwe eisen van het onderwijs.
Tot 2001 stond de school aan de rand van het wijkje Transwijk, met achter de school een park met allerlei faciliteiten. Vanaf 2002 is het schoolterrein omsloten door woningbouw. Het park werd daardoor kleiner, maar de voor de school belangrijke faciliteiten bleven (bouwspeeltuin, kinderboerderij, speelvelden).
Op loopafstand van de school bevinden zich een winkelcentrum, bus- en tramhaltes.

Op dit moment word de Prinses Wilhelminaschool bezocht door zo'n 200 leerlingen in de leeftijd van 4 tot 20 jaar. Zij zijn verdeeld over 19 groepen: 8 groepen SO en 11 groepen VSO.
Van het totaal aantal leerlingen hebben 22 leerlingen een ZML-MG beschikking.
De laatste jaren heeft de school een sterke groei doorgemaakt. Deze groei zal zich de komende jaren voorzetten; zowel door woningbouw in diverse vinex-locaties in de regio als door de verruiming van de landelijke toelatingscriteria. De leerlingen komen uit de regio (van Woerden, De Ronde Venen, Breukelen, Maarssen, Utrecht, Bilthoven, Houten, Vianen tot Lopik.)

Samen met de Rafaëlschool in Utrecht, de Koningin Emmaschool in Amersfoort, beide scholen voor ZMLK, een groot aantal basisscholen uit Utrecht, vallen we onder het bevoegd gezag van het de Stichting Protestants Christelijk Onderwijs te Utrecht, PCOU.
Met nog 11 andere scholen voor speciaal- en voorgezet speciaal onderwijs werken wij samen in het Regionaal Expertise Centrum REaCtys.